سلوشيا 122و همکاران (2009) 54 آغازگر SSR را در گياه کلزا مورد استفاده قرار دادند و 122 نوار قابل نمره‌دهي مشاهده نمودند که تعداد 77 نوار از اين 122 نوار، چندشکلي نشان دادند. بنابراين درصد چندشکلي11/ 63 بود که بيانگر تنوع ژنتيکي بالا در ميان اين‌گونه‌هاست. در جايگاه SSR، پرايمر XTxp-331 براي تعيين آلل‌هاي کمياب شناسايي شده است و شاخص تنوع ژني کمتر از 5/0 در تمام جمعيت مورد مطالعه داشت (شيزاد و همکاران، 2009).
دامنه ضريب تشابه بدست آمده از نشانگر SSR در اين تحقيق از 15/0در HTS با بقيه ارقام تا 0/1 بين دو رقم SOR834 و SOR1011 متغير بود (جدول4-13). در کارهاي اصلاحي ارقامي که کمترين تشابه را با هم دارند، بهترين ارقام براي کارهاي اصلاحي جهت دورگه‌گيري هستند و بر عکس. با توجه به اينکه در بين ژنوتيپ‌هاي مورد مطالعه، ژنوتيپ HTS با بقيه ژنوتيپ‌ها کمترين تشابه راداشت، بنابراين براي تلاقي با آنها مي‌تواند به کار رود.

شکل 4-2- الگوي باندي آغازگر XTxp258 با 10 رقم سورگوم و DNA Ladder 50bp RTU

جدول 4- 13- شاخص‌هاي تنوع ژنتيکي به دست آمده در ژنوتيپ‌هاي سورگوم با استفاده از 7 نشانگر SSR
شاخص شانون

تعداد آلل مؤثر
تعداد آلل مشاهده شده

محتواي اطلاعات چندشکلي
هتروزيگوسيتي مورد انتظار
هموزيگوسيتي مورد انتظار
هتروزيگوسيتي مشاهده شده
هموزيگوسيتي مشاهده شده
آغازگر
3768/0
2800/1
2
41/0
2333/0
7667/0
000/00
0000/1
XTxp354
6853/0
9692/1
2
36/0
5250/0
4750/0
8750/0
1250/0
XTxp312
3768/0
2800/1
2
50/0
2333/0
7667/0
000/00
0000/1
XTx0p287
5004/0
4706/1
2
75/0
3556/0
6444/0
4000/0
6000/0
XTxp270
6682/0
9059/1
2
19/0
5033/0
4967/0
7778/0
2222/0
XTxp335
6730/0
9231/1
2
55/0
5033/0
4947/0
000/0
0000/1
XTxp258
5983/0
6897/1
2
63/0
4396/0
5604/0
0000/0
0000/1
XTxp285
5548/0 6455/1 2 48/0 3704/0 6006/0 2932/0 706/0 ميانگين

جدول 4-14- ماتريس تشابه براي تجزيه داده‌هاي مولکولي
HTS
LTS
MTS
Sor857
Sor1006
Sor1009
Sor1011
Sor808
Sor834
Sor1003

1
Sor1003

1
457/0
Sor834

1
354/0
354/0
Sor808

1
354/0
000/1
407/0
Sor1011

1
583/0
354/0
583/0
407/0
Sor1009

1
800/0
583/0
354/0
583/0
407/0
Sor1006

1
700/0
700/0
583/0
354/0
383/0
407/0
Sor857

1
453/0
453/0
453/0
453/0
354/0
453/0
407/0
MTS

1
500/0
453/0
453/0
453/0
453/0
354/0
453/0
407/0
LTS
1
157/0
157/0
157/0
157/0
157/0
157/0
157/0
157/0
157/0
HTS

4-2-1-گروه‌بندي ژنوتيپ‌ها بر اساس داده‌هاي SSR
به منظورگروهبندي ارقام براساس دادههاي SSR، با استفاده از نرم‌افزارNTSYS V.PC 2/02 ، ابتدا ضريب تشابه دايس، جاکارد و تطابق ساده براي ارقام مورد مطالعه محاسبه گرديد، بعد از آن با مقايسه ضريب تشابه هر سه ماتريس و ضريب کوفنتيک مربوطه، ضريب تشابه جاکارد به عنوان مناسبترين ضريب (85/0) براي ترسيم دندروگرام انتخاب گرديد. براساس ماتريس تشابه حاصله، روشهاي مختلف خوشهبندي مورد مقايسه قرار گرفت که با توجه به ضريب همبستگي کوفنتيک بين ماتريسهاي تشابه و ماتريس خروجي دندروگرام، خوشه‌بندي براساس روش UPGMA مناسبترين گروه بندي را ايجاد نمود. بر اساس دندروگرام حاصل از دادههاي آغازگر SSR، 10 رقم سورگوم در 4 گروه متفاوت قرار گرفتند (شکل4-2). نتايج حاصل نشان داد که تنها ژنوتيپSor1003 در خوشه اول قرار گرفت. در گروه دوم ژنوتيپ‌هاي Sor834، Sor1011، Sor1009، Sor1006، Sor857، MTS، LTS قرار گرفتند. که ژنوتيپ‌هاي Sor1011، Sor1009، Sor1006، SOR834 و SOR857 ارسالي از آلمان و 2 ژنوتيپ MTS و HTS از ايران بودند که به نظر ميرسد اين رقمها از نظر ژنتيکي بيشترين شباهت را به هم دارند. از آنجايي که ژنوتيپ‌هاي موجود در هر يک از خوشه‌ها داراي قرابت ژنتيکي بيشتري نسبت به ژنوتيپ‌هاي موجود در خوشه‌هاي ديگر هستند، بنابراين مي‌توان براي ايجاد تنوع هر چه بيشتر و انجام تلاقي‌هاي هدفمند از گروه‌‌‌بندي بر اساس داده‌هاي مولکولي استفاده نمود، چون در اين گرو بندي اثر محيط حذف گرديده و مي‌توان دسته‌بندي دقيقتري از ژنوتيپ‌ها به دست آورد. قرار گرفتن ژنوتيپ‌هاي مربوط به شرايط اکولوژيکي مختلف و کشورهاي متفاوت در يک خوشه احتمالاً در اثر وجود مبناي ژنتيکي يکسان در آنها بوده است که توسط محققين جمع‌آوري کننده ژرم‌پلاسم به مناطق مختلف جهان منتقل شده‌اند. در گروه سوم ژنوتيپ Sor808 به تنهايي در يک خوشه قرار گرفت. در گروه چهارم ژنوتيپ HTS از ايران نيز در گروه مجزا قرار گرفته است. نکته قابل توجه اين است که اين ژنوتيپ‌ها که به تنهايي در گروه مجزا قرار گرفتند تشابه کمي با بقيه ژنوتيپ‌ها دارند. همچنين مي‌توان نتيجه گرفت که ارتباط خاصي بين گروه‌بندي بر اساس نشانگر SSR با پراكندگي جغرافيايي رقم‌ها وجود ندارد و اين ممكن است دليل بر تنوع ژنتيکي زياد بين رقم‌هاي سورگوم در هر منطقه باشد. با توجه به اين گروه‌بندي مي‌توان ژنوتيپ‌هاي دو گروه Sor1003 و HTS که داراي بيشترين فاصله ژنتيکي مي‌باشند با اهداف اصلاحي خاص با هم تلاقي داد.

شکل 4-3- گروه‌بندي ارقام سورگوم مورد مطالعه بر اساس مشاهدات مولکولي نشانگرSSR به روش UPGMA

4-2-2- نتايج حاصل از تجزيه به مولفه‌هاي اصلي
بر اساس نتايج تجزيه به مولفه‌هاي اصلي (جدول 4-15) دو مولفه اول يعني PCA1 و PCA2 به ترتيب 08/50 و 07/10 (مجموعا 15/60%) از واريانس کل را توجيه کردند. يعني نشانگرهاي SSR مورد استفاده داراي توزيع نسبتا مناسبي در سطح ژنوم بوده‌اند. آرايش و پراکنش ژنوتيپهاي سورگوم مورد مطالعه با استفاده از شباهت ژنتيکي مبتني بر نشانگر SSR به‌وسيله اين دو مؤلفه در شکل (4-3) نشان داده شده است.

جدول 4-15- مقادير مولفه‌هاي اصلي براي بخش مولکولي

درصد تجمعي
درصد مقادير ويژه
مقادير ويژه
مولفه‌ها
08/50
08/50
08/5
1
15/60
07/10
07/1
2
91/68
76/8
87/
3

توزيع ژنوتيپ‌ها در اين نمودار مطابق با توزيع توده‌ها در خوشه‌هاي دندروگرام حاصل در اين مطالعه مي ‌باشد. به طور مثال، ژنوتيپهايSor834، Sor1006، Sor857 نسبت به ديگر ژنوتيپ‌ها فاصله گرفته و در يک نقطه تجمع يافته‌اند. ژنوتيپ HTS هم که در خوشه‌بندي نسبت به ديگر ژنوتيپ‌ها در خوشه‌اي جدا قرار گرفته، در نمودار دوبعدي از ديگر ژنوتيپ‌ها جدا افتاده‌است. در واقع نمودار دو بعدي مولفه‌ها ابزار ديگري جهت نشان‌دادن پراکنش ژنوتيپ‌هاست که مي تواند به عنوان روشي مکمل براي تجزيه خوشه‌اي به شمار رود. بنابراين، نتايج گروه‌بندي تجزيه خوشه‌اي تأييد مي‌گردد.

شکل 4-4 نمودار پراکنش ژنوتيپ‌هاي سورگوم به‌وسيله دو مؤلفه اول بر اساس مشاهدات نشانگرهاي SSR

4-3-ارتباط بين نشانگر‌هاي مولکولي و ويژگي‌هاي اندازه‌گيري شده در مرحله گياهچه‌اي
تجزيه لجستيک دوتايي نشان داد که هيچکدام از آلل‌ها تأثير معني‌داري برصفات اندازه‌گيري‌شده (بدليل خطاي معيار بالا) نداشتند. با توجه به اينکه هدف، پيدا کردن ارتباط بين نشانگرها و ويژگي‌هاي اندازه‌گيري‌شده بود، مقاديرB (ضريب تأثير) مورد توجه قرار گرفتند. ضريب تأثير B در برخي مکان‌ها براي ويژگي‌هاي اندازه‌گيري شده مثبت و بزرگ بود (جدول 4-16 و 4-17). بنابراين، اين احتمال وجود دارد که مکان‌هاي موردنظر با صفات مورفولوژيکي و فيزيولوژيکي ارتباط داشته باشد. در جاهايي که ضريب تأثير B صفر بود ارتباطي بين مکان‌ها با صفات اندازه‌گيري شده وجود نداشت. وقتي ضريب تأثير (B) يک متغير مستقل بر متغير وابسته مثبت و بزرگ باشد، مرتبط با وجود نوار است و اگر منفي باشد، مرتبط با عدم نوار است. جداول 4-16 و 4- 17 ضريب تأثير B حاصل از رگرسيون لجستيک را به ترتيب براي صفات مختلف در شرايط تنش (10 دسي زيمنس بر متر) و عدم تنش (محلول هوگلند) نشان مي‌دهد. در شرايط تنش مکان ALL1-P4 با صفت شاخص تحمل به تنش، مکان ALL1-P6 با شاخص تحمل تنش، مکان ALL2-P6 تنها با صفت وزن خشک ريشه، مکان ريزماهواره ALL2-P8 با صفات وزن خشک برگ، وزن خشک ريشه، مکان ALL2-P9 با صفت شاخص تحمل به تنش و بالاخره مكان ريز ماهواره‌اي ALL1-P10 تنها با صفت وزن خشک ريشه مرتبط بودند (جدول 4-16). در شرايط بدون تنش (جدول 4-16) ALL1-P6 با شاخص تحمل به تنش، ALL1-P7 با وزن خشک برگ، ALL2-P7 با وزن خشک ريشه، ALL2-P8 با وزن خشک برگ و ريشه و بالاخره ALL1-P10 با ميزان پرولين مرتبط بودند. ملاحظه مي‌گردد که در هر دو شرايط ALL1-P6 با شاخص تحمل به تنش و ALL2-P8 با وزن خشک برگ ارتباط داشتند. نظر به اهميت اين دو ويژگي که هر دو از شاخص‌هاي مهم متحمل به شوري هستند، مي‌توان از نشانگرهاي مرتبط با آنها يعني ALL1-P6 و ALL2-P8 براي انتخاب غير مستقيم و غربال نمودن ژنوتيپ‌هاي متحمل به شوري بهره جست.

جدول 4-16- ضرايب تأثير B در تجزيه لجستيک دوتايي بين صفات گياه سورگوم و آلل‌هاي SSR در شرايط تنش شوري
صفات
ALL1-P3
ALL2-P3
ALL1-P4
ALL2-P4
ALL1-P6
ALL2-P6
ALL1-P7
ALL2-P7
ALL1-P8
ALL2-P8
ALL1-P9
ALL2-P9
ALL1-P10
ALL2-P10
وزن خشک برگ
0
0
98/560
52/836
29/139-
0
00/393/-
0
0
03/1620
0
91/238-
0
0
سطح برگ
0
01/5-
08/3
0
09/8
69/328-
52/12-
01/5-
0
14/73-
72/3
90/4-
0
72/3-
وزن خشک ريشه
0
0
13/56-
0
80/334
80/8179
52/44
0
0
56/1354
0
34/269-
102/232
0
قند
81/6-
0
98/1
0
17/3
0
16/4-
0
0
96/26-
0
01/3-
0
0
پرولين
52/9
0
39/6
59/64
41/10-
0
70/11-
0
44/3
85/8
0
183/-
0
0
پتاسيم
0
0
87/5
0
15/9
0
28/6-
0
04/12
78/32-
0
446/-
0
0
سديم
78/1
0
454/
0
513/-
0
475/
0
0
33/4
0
86/
0
0
طول ساقه
0
0
09/11-
0
34/61-
0
82/54-
0
0
60/255-
0
44/27-
0
0
منيزيم
50/66-
0
77/22-
55/198-
08/11
0
34/9
0
0
19/110-
15/5
38/21
24/23-
15/5-
کلسيم
0
0
72/5-
56/12-
57/1
0
02/4
0
0
32/33
0
321/-
0
0
شاخص تحمل تنش
0
0
21/282
0
04/295
0
08/118
0
0
76/688-
0
76/154
0
0

جدول 4-17- ضرايب تأثير B در تجزيه لجستيک دوتايي بين صفات گياه سورگوم و آلل‌هاي SSR در شرايط بدون تنش
صفات
ALL1-P3
ALL2-P3
ALL1-P4
ALL2-P4
ALL1-P6
ALL2-P6
ALL1-P7
ALL2-P7
ALL1-P8
ALL2-P8
ALL1-P9
ALL2-P9
ALL1-P10
ALL2-P10
وزن خشک برگ
0
0
83/197-
0
89/103-
0
99/842
0
0
15/536
0
0
0
90/45
سطح برگ
0
0
22/5-
0
89/12
45/15-
05/42
0
0
0
0
0
0
24/24
وزن خشک ريشه
0
0
17/8
0
22/51
0
0
52/143
0
90/29
0
0
0
90/80-
قند
0
0
81/4
53/3
85/-
0
0
0
0
0
0
0
87/56-
05/4
پرولين
0
0
47/5
0
40/37
0
84/52
34/39
0
0
0
0
73/106
68/8
پتاسيم
0
0
27/1
0
52/2-
28/3
0
0
0
44/3-
94/1
47/6-
0
402/
سديم
0
135/5
454/
0
35/1-
0
0
0
0
0
0
0
27/2
957/
طول

دسته بندی : No category

دیدگاهتان را بنویسید